Istron leží v zátoce Mirabello, přibližně 8 km východně od Agios Nikolaos a 30 km západně od města Sitia, do hlavního města Heraklion je to asi 70 km. Patří do regionu Kalo Chorio na východě Kréty, který se skládá ze 4 sídlišť, ke kterým patří také Istron. Najdete zde malé zastrčené písčité, ale i skalnaté pláže. Toto středisko patří k těm klidnějším, rušnější přímořské letovisko Ierapetra na jižním pobřeží Kréty je vzdálené asi 16 km.