Klášter leží západně od městečka Sitia směrem na Agios Nikolaos. Přibližně po 6 km následuje vpravo odbočka na sever, po dalších 3 km se objevuje další příjezdová cesta, která se ale zhruba v polovině 10 km dlouhé trasy opět setkává s první cestou. Asfaltová silnice se po dvou kilometrech mění ve štěrkovou, která je ale v letních měsících sjízdná každým osobním vozem (to platí pro obě cesty). Zbytky antických staveb lemují tuto cestu, která po 7 km stoupání vede do soutěsky u pobřeží.

K jeskyni se dostanete z Kato Zakros (jihovýchodní pobřeží Kréty) po hodině rychlé chůze. Na celý, přibližně 14-ti kilometrový úsek, musíte počítat zhruba 2,5 hodiny. Cesta je místy velice těžko schůdná. Na výlet byste se neměli vydávat při vysokých teplotách a vždy jen s dostatečnou zásobou tekutin. Tato cesta není vhodná pro děti, nerovný terén je místy jen jeden metr od 30m hubokých propastí. Ve druhé třetině stezky vás čeká několikeré strmé stoupání. Poslední třetina cesty je tou nejtěžší. Stezka vede strmě vzhůru po hladké skále a drolícím se štěrku.

Klášter Koudouma leží na jihu Kréty a je přístupný 23km dlouhou cestou přes město Sternes na okraji náhorní plošiny Messara přes pohoří Asteroussia. Cesta je sjízdná pouze jeepem, přičemž na jižním svahu poté co dosáhneme nejvyššího místa pohoří Kofinas 1231m směrem k Lybijskému moři je nejen strmá a bohatá na zatáčky, ale také velice poškozená a v nejkritičtějších místech zpevněna betonem. Na cestu musíme počítat minimálně 3 až 4 hodiny jízdy.